이야기는 메리(Mary)가 늦잠을 자고 일어난 아침으로부터 시작된다. 마사(Martha)는 콜린(Colin)이 어제의 격렬한 감정 폭발(tantrum) 이후 몸 상태가 좋지 않지만, 메리를 보고 싶어 한다고 전한다. 평소 고집불통이던 콜린이 '제발(please)'이라는 단어를 사용했다는 사실은 그에게 찾아온 내면의 변화를 암시한다. 메리는 콜린의 방으로 향하며, 그와의 만남이 단순한 방문을 넘어 비밀을 공유하는 과정으로 나아갈 것임을 예고한다.
메리는 콜린에게 딕콘(Dickon)을 만나러 가야 한다고 말한 뒤, 비밀의 정원(secret garden)으로 향한다. 그곳에서 딕콘은 다람쥐 '넛(Nut)'과 '셸(Shell)'을 어깨에 올린 채 자연과 교감하고 있었다. 메리는 딕콘에게 동물들과 함께 콜린을 방문하여 그를 정원으로 데려올 계획을 제안한다. 딕콘은 이를 흔쾌히 받아들이며, 자연의 생명력이 콜린의 삶에 활력을 불어넣을 것임을 시사한다.
다시 콜린의 곁으로 돌아온 메리에게서 콜린은 독특한 냄새를 맡는다. 그는 "꽃과 신선한 것들의 냄새(smell flowers and fresh things)"가 난다며, 그것이 "시원하면서도 따뜻하고 달콤하다"고 표현한다. 메리는 이를 "무어의 바람(wind from the moor)"과 "봄철 새 풀의 냄새(smell of new grass)"라고 설명한다. 이는 메리가 정원이라는 공간을 통해 자연의 생명력을 체득했음을 보여주는 대목이다. 메리는 딕콘의 동물 친구들인 '수트(Soot)', '캡틴(Captain)' 그리고 야생 조랑말에 대해 이야기하며, 자연과 친구가 되는 '마법 같은(magic)' 교감에 대해 설명한다.
콜린은 사람을 사귀어 본 적이 없기에 다른 사람들을 견디기 힘들어하지만, 메리에게만큼은 "난 네가 좋아(I like you)"라고 솔직하게 고백한다. 메리 역시 과거에는 아무도 좋아하지 않았으나, 벤(Ben), 로빈(Robin), 그리고 딕콘을 알게 되면서 마음의 문을 열었음을 고백한다. 이 대화는 두 아이가 서로의 고립된 세계에서 벗어나 진정한 인간관계로 나아가는 과정을 보여준다.
마침내 메리는 콜린에게 비밀의 정원에 관한 모든 것을 털어놓는다. 숨겨진 열쇠, 담쟁이덩굴로 덮인 문, 그리고 정원을 가꾸기 위해 노력해온 시간들을 공유한다. 콜린은 감격에 겨워 "내가 살아서 그곳에 들어가 볼 수 있을까?(will I live to go in and see it?)"라고 묻고, 메리는 "당연하지, 바보 같은 소리 마(Of course you will, Don't be silly)"라며 그에게 확신을 준다. 메리가 "이제 너를 확실히 믿는다(I trust you for sure)"라고 말하는 대목은, 비밀의 공유가 곧 신뢰의 완성임을 상징한다. 정원이라는 비밀스러운 공간은 이제 두 아이를 하나로 묶어주는 치유의 장소가 되어, 앞으로 펼쳐질 그들의 변화를 예고하고 있다.